میکروبیوتای واژن در پیشگیری از عفونت های ادراری_ تناسلی و در حفظ سلامت واژن نقش بسیار حیاتی دارد. میکروبیوتای واژن در بانوان سالم به دو گروه هوازی و بی هوازی تقسیم می گردد. عمده ترین میکروبیوتای واژن توسط گونه لاکتوباسیلوس تشکیل می‌شود. مقدار لاکتوباسیلوس موجود در مایع واژینال زنان سالم در سنین قبل از یائسگی 107_108 cfu/g است لاکتوباسیلوس با استفاده از گلیکوژن موجود در مایع واژینال، لاکتیک اسید تولید کرده و محیط واژن به یک محیط اسیدی تبدیل می‌کند. ترکیب میکروبیوتای واژن ثابت نمی باشد و تحت تاثیر عوامل اگزوژن و آندوژن تغییر می کند. میکروارگانیسم های مفید به دلیل مصرف آنتی بیوتیک، فعالیت جنسی، تغییرات هورمونی، بارداری، قاعدگی، استفاده از روشهای جلوگیری از بارداری و... از بین رفته و سبب به هم ریختگی اکوسیستم واژن می گردد. همچنین این تغییرات باعث تغییر ph محیط واژن می‌شود. ‏ph بالا سبب افزایش عفونت های ادراری_ تناسلی شامل باکتریال واژینوزیزBV، کاندیدیا ولوواژینیتVVC و عفونت مجرای ادراری UTI می‌گردد درمان عفونت های ادراری تناسلی استفاده از آنتی بیوتیک ها می باشد اما این درمان دارای اشکالاتی از جمله کاهش تعداد باکتری های مفید و احتمال افزایش مقاومت به دارو می باشد و همچنین احتمال دارد عفونت بعد از درمان نیز مجددا بازگردد. جهت درمان بانک تریال واژینوزیز می‌توان از مترونیدازول و کلیندامایسین استفاده کرد. اثربخشی این درمان ۹۵ درصد می باشد اما در 70_80 درصد افراد بعد از یک ماه دوباره بیماری عود کرده و این به دلیل ناهمگونی باکتری‌های موجود در باکتریال واژینوزیز است. با تحقیقاتی که محققان در این زمینه انجام داده‌اند به این نتیجه رسیدند که آنتی بیوتیک ها در غلظت پایین می توانند گونه های لاکتوباسیلوس را مهار کند.